MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Streptococcus pneumoniae D39 chromosome

Total Repeats: 41766

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008533	GAAA	2	8	3	10	75 %	0 %	25 %	0 %	116516053
2	NC_008533	AAGA	2	8	44	51	75 %	0 %	25 %	0 %	116516053
3	NC_008533	GAAATG	2	12	142	153	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	116516053
4	NC_008533	AAC	2	6	164	169	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116516053
5	NC_008533	ATT	2	6	178	183	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116516053
6	NC_008533	GTA	2	6	184	189	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116516053
7	NC_008533	GAA	2	6	271	276	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116516053
8	NC_008533	AAAAG	2	10	345	354	80 %	0 %	20 %	0 %	116516053
9	NC_008533	GGA	2	6	463	468	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	116516053
10	NC_008533	TTA	2	6	490	495	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116516053
11	NC_008533	GAAAT	2	10	506	515	60 %	20 %	20 %	0 %	116516053
12	NC_008533	A	6	6	519	524	100 %	0 %	0 %	0 %	116516053
13	NC_008533	AT	3	6	546	551	50 %	50 %	0 %	0 %	116516053
14	NC_008533	TTA	2	6	566	571	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116516053
15	NC_008533	GAT	2	6	652	657	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116516053
16	NC_008533	A	7	7	675	681	100 %	0 %	0 %	0 %	116516053
17	NC_008533	GAA	2	6	694	699	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116516053
18	NC_008533	GAG	2	6	787	792	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	116516053
19	NC_008533	A	8	8	999	1006	100 %	0 %	0 %	0 %	116516053
20	NC_008533	TGC	2	6	1029	1034	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116516053
21	NC_008533	ATA	2	6	1217	1222	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116516053
22	NC_008533	GGAA	2	8	1238	1245	50 %	0 %	50 %	0 %	116516053
23	NC_008533	TCAT	2	8	1271	1278	25 %	50 %	0 %	25 %	116516053
24	NC_008533	AAAAT	2	10	1288	1297	80 %	20 %	0 %	0 %	116516053
25	NC_008533	TGAT	2	8	1301	1308	25 %	50 %	25 %	0 %	116516053
26	NC_008533	AATC	2	8	1337	1344	50 %	25 %	0 %	25 %	116516053
27	NC_008533	AAT	2	6	1358	1363	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116516053
28	NC_008533	T	6	6	1381	1386	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008533	T	6	6	1390	1395	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008533	T	6	6	1403	1408	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008533	A	6	6	1418	1423	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008533	TAT	2	6	1472	1477	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008533	TAT	2	6	1481	1486	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008533	ATAA	2	8	1503	1510	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008533	TAA	2	6	1538	1543	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116516939
36	NC_008533	ATTT	2	8	1546	1553	25 %	75 %	0 %	0 %	116516939
37	NC_008533	AG	3	6	1576	1581	50 %	0 %	50 %	0 %	116516939
38	NC_008533	A	7	7	1699	1705	100 %	0 %	0 %	0 %	116516939
39	NC_008533	CTT	2	6	1729	1734	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116516939
40	NC_008533	CTT	2	6	1746	1751	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116516939
41	NC_008533	CTT	2	6	1756	1761	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116516939
42	NC_008533	GTA	2	6	1773	1778	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116516939
43	NC_008533	AGCA	2	8	1910	1917	50 %	0 %	25 %	25 %	116516939
44	NC_008533	ATT	2	6	1953	1958	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116516939
45	NC_008533	TGC	2	6	1973	1978	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116516939
46	NC_008533	AG	3	6	1988	1993	50 %	0 %	50 %	0 %	116516939
47	NC_008533	A	6	6	2082	2087	100 %	0 %	0 %	0 %	116516939
48	NC_008533	A	7	7	2098	2104	100 %	0 %	0 %	0 %	116516939
49	NC_008533	TGA	2	6	2108	2113	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116516939
50	NC_008533	GAT	2	6	2169	2174	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116516939
51	NC_008533	ACT	2	6	2304	2309	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116516939
52	NC_008533	GTT	2	6	2412	2417	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116516939
53	NC_008533	GTAAA	2	10	2446	2455	60 %	20 %	20 %	0 %	116516939
54	NC_008533	GAA	2	6	2457	2462	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116516939
55	NC_008533	ACTT	2	8	2514	2521	25 %	50 %	0 %	25 %	116516939
56	NC_008533	GATT	2	8	2522	2529	25 %	50 %	25 %	0 %	116516939
57	NC_008533	CAG	2	6	2602	2607	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116516939
58	NC_008533	GAAAA	2	10	2702	2711	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008533	AGT	2	6	2716	2721	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_008533	TTG	2	6	2741	2746	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116515850
61	NC_008533	A	6	6	2752	2757	100 %	0 %	0 %	0 %	116515850
62	NC_008533	AAAAT	2	10	2833	2842	80 %	20 %	0 %	0 %	116515850
63	NC_008533	TGT	2	6	2859	2864	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116515850
64	NC_008533	ATG	2	6	2866	2871	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116515850
65	NC_008533	ATT	2	6	2905	2910	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116515850
66	NC_008533	TTAG	2	8	2923	2930	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008533	TGAAA	2	10	2974	2983	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008533	CAG	2	6	3010	3015	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116516338
69	NC_008533	GCA	2	6	3084	3089	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116516338
70	NC_008533	TGG	2	6	3127	3132	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	116516338
71	NC_008533	AACT	2	8	3157	3164	50 %	25 %	0 %	25 %	116516338
72	NC_008533	TGA	3	9	3320	3328	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116516338
73	NC_008533	AATT	2	8	3403	3410	50 %	50 %	0 %	0 %	116516338
74	NC_008533	TTC	2	6	3505	3510	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116516338
75	NC_008533	AGA	2	6	3530	3535	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116516338
76	NC_008533	GAC	2	6	3605	3610	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116516338
77	NC_008533	CAAA	2	8	3680	3687	75 %	0 %	0 %	25 %	116516338
78	NC_008533	AGT	2	6	3719	3724	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116516338
79	NC_008533	GAA	2	6	3747	3752	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116516338
80	NC_008533	GAT	2	6	3765	3770	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116516338
81	NC_008533	A	6	6	3777	3782	100 %	0 %	0 %	0 %	116516338
82	NC_008533	CTTG	2	8	3848	3855	0 %	50 %	25 %	25 %	116516338
83	NC_008533	ACTT	2	8	3864	3871	25 %	50 %	0 %	25 %	116516338
84	NC_008533	AAG	2	6	3886	3891	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116516338
85	NC_008533	CTC	2	6	3925	3930	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	116516338
86	NC_008533	AGC	2	6	3932	3937	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116516338
87	NC_008533	TAT	2	6	3941	3946	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116516338
88	NC_008533	AAG	2	6	4033	4038	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116516338
89	NC_008533	GAA	2	6	4053	4058	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116516338
90	NC_008533	AT	3	6	4067	4072	50 %	50 %	0 %	0 %	116516338
91	NC_008533	TAA	2	6	4120	4125	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008533	A	7	7	4145	4151	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_008533	AAAT	2	8	4180	4187	75 %	25 %	0 %	0 %	116515731
94	NC_008533	AAACA	2	10	4235	4244	80 %	0 %	0 %	20 %	116515731
95	NC_008533	TTGA	2	8	4261	4268	25 %	50 %	25 %	0 %	116515731
96	NC_008533	GAA	2	6	4278	4283	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116515731
97	NC_008533	AC	3	6	4300	4305	50 %	0 %	0 %	50 %	116515731
98	NC_008533	A	6	6	4352	4357	100 %	0 %	0 %	0 %	116515731
99	NC_008533	ATGA	2	8	4384	4391	50 %	25 %	25 %	0 %	116515731
100	NC_008533	TTA	2	6	4414	4419	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116515731
101	NC_008533	GAT	2	6	4462	4467	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116515731
102	NC_008533	CAG	2	6	4511	4516	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116515731
103	NC_008533	TAT	2	6	4539	4544	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116515731
104	NC_008533	ATTGGA	2	12	4582	4593	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116515731
105	NC_008533	GTT	2	6	4615	4620	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116515731
106	NC_008533	CAT	2	6	4621	4626	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116515731
107	NC_008533	GAT	2	6	4648	4653	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116515731
108	NC_008533	ACT	2	6	4700	4705	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116515731
109	NC_008533	A	6	6	4717	4722	100 %	0 %	0 %	0 %	116515731
110	NC_008533	TTA	2	6	4765	4770	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116516151
111	NC_008533	A	6	6	4798	4803	100 %	0 %	0 %	0 %	116516151
112	NC_008533	CTA	2	6	4859	4864	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116516151
113	NC_008533	TTGCAA	2	12	4871	4882	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116516151
114	NC_008533	AGA	2	6	4896	4901	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116516151
115	NC_008533	GAT	2	6	5002	5007	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116516151
116	NC_008533	TGG	2	6	5015	5020	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	116516151
117	NC_008533	A	6	6	5042	5047	100 %	0 %	0 %	0 %	116516151
118	NC_008533	T	6	6	5073	5078	0 %	100 %	0 %	0 %	116516151
119	NC_008533	GCA	2	6	5119	5124	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116516151
120	NC_008533	GATT	2	8	5129	5136	25 %	50 %	25 %	0 %	116516151
121	NC_008533	GAA	2	6	5188	5193	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116516151
122	NC_008533	GAG	2	6	5282	5287	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	116516151
123	NC_008533	T	6	6	5338	5343	0 %	100 %	0 %	0 %	116516151
124	NC_008533	TGA	2	6	5346	5351	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116516151
125	NC_008533	GAAA	2	8	5394	5401	75 %	0 %	25 %	0 %	116516151
126	NC_008533	GA	3	6	5445	5450	50 %	0 %	50 %	0 %	116516151
127	NC_008533	AGA	2	6	5529	5534	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116516151
128	NC_008533	TGA	2	6	5655	5660	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116516151
129	NC_008533	TGA	2	6	5672	5677	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116516151
130	NC_008533	AGA	2	6	5721	5726	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116516151
131	NC_008533	A	6	6	5788	5793	100 %	0 %	0 %	0 %	116516151
132	NC_008533	TCAAT	2	10	5862	5871	40 %	40 %	0 %	20 %	116516151
133	NC_008533	TTTTC	2	10	5902	5911	0 %	80 %	0 %	20 %	116516151
134	NC_008533	AGA	2	6	5916	5921	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116516151
135	NC_008533	A	7	7	5935	5941	100 %	0 %	0 %	0 %	116516151
136	NC_008533	ATT	2	6	5953	5958	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116516151
137	NC_008533	GGA	2	6	5994	5999	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	116516151
138	NC_008533	CGT	2	6	6163	6168	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116516151
139	NC_008533	ACA	2	6	6177	6182	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116516151
140	NC_008533	AG	3	6	6195	6200	50 %	0 %	50 %	0 %	116516151
141	NC_008533	TGT	2	6	6237	6242	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116516151
142	NC_008533	CAT	2	6	6244	6249	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116516151
143	NC_008533	AT	3	6	6384	6389	50 %	50 %	0 %	0 %	116516151
144	NC_008533	TAAAT	2	10	6420	6429	60 %	40 %	0 %	0 %	116516151
145	NC_008533	TGA	2	6	6486	6491	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116516151
146	NC_008533	ACTCT	2	10	6501	6510	20 %	40 %	0 %	40 %	116516151
147	NC_008533	TGA	4	12	6546	6557	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116516151
148	NC_008533	TGA	2	6	6570	6575	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116516151
149	NC_008533	GAT	2	6	6598	6603	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116516151
150	NC_008533	GTA	2	6	6611	6616	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116516151
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153	NC_008533	TGT	2	6	6942	6947	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116516151
154	NC_008533	TGA	2	6	6965	6970	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116516151
155	NC_008533	TGA	2	6	6975	6980	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116516151
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169	NC_008533	TTGGT	2	10	7973	7982	0 %	60 %	40 %	0 %	116516151
170	NC_008533	GAAA	2	8	8020	8027	75 %	0 %	25 %	0 %	116516151
171	NC_008533	ATA	2	6	8030	8035	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116516151
172	NC_008533	CAATT	2	10	8042	8051	40 %	40 %	0 %	20 %	116516151
173	NC_008533	ATT	2	6	8087	8092	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116516151
174	NC_008533	AAGA	2	8	8176	8183	75 %	0 %	25 %	0 %	116516151
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177	NC_008533	A	7	7	8249	8255	100 %	0 %	0 %	0 %	116516151
178	NC_008533	TCT	2	6	8272	8277	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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181	NC_008533	CGT	2	6	8365	8370	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116515542
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187	NC_008533	CGT	2	6	8636	8641	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116515979
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256	NC_008533	TA	3	6	11589	11594	50 %	50 %	0 %	0 %	116516781
257	NC_008533	A	6	6	11596	11601	100 %	0 %	0 %	0 %	116516781
258	NC_008533	A	6	6	11611	11616	100 %	0 %	0 %	0 %	116516781
259	NC_008533	A	6	6	11634	11639	100 %	0 %	0 %	0 %	116516681
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262	NC_008533	A	6	6	11714	11719	100 %	0 %	0 %	0 %	116516681
263	NC_008533	ATG	2	6	11808	11813	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116516681
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